因为它的东部少有淡水河流注入，而它的西部有伊犁河注入降低了这部分的盐度，并且它东、西两部分之间有个狭窄的水道使它们相连，导致两边的湖水没有办法充分混合。巴尔喀什湖奇特的特征，那就是它的东、西两个部分分别是咸水湖和淡水湖，东部因少有淡水河流注入，导致它盐度高，而它的西部则有伊犁河注入淡水。
巴尔喀什湖是哈萨克斯坦东南部的一个内陆湖，这个湖平均的水深为六米，湖的面积有近两万平方千米，且湖的东西距离长达605千米，是世界第四长的湖。巴尔喀什湖流域地形东南高而西北低，东部和南部是天山山系的阿拉套山、婆罗科努山、依连哈比尔尕山、哈尔克山、克特绵山、昆格阿拉套山和外伊犁山，西南部是楚伊犁山，西部地形较低，是别特帕克达拉草原，北方则为哈萨克斯坦丘陵，中央是冲洪积、湖沼平原和沙漠，流域最高为汗腾汗格里峰。
巴尔喀什湖是咸水湖还是淡水湖
是咸水湖,因为它是一个内流湖，淡水区域只有汛期的时候才会有,且在流入湖泊的入口的一点。巴尔喀什湖所在的中亚地区，深居内陆降水较少，年蒸发量较大，多分布咸水湖，所以实际上巴尔喀什湖本来应该是一个典型的咸水湖。
巴尔喀什湖是内流湖还是外流湖
巴尔喀什湖位于亚欧大陆内部,深居内陆,属温带大陆性气候,蒸发量大于降水量,是一个内流湖。巴尔喀什湖为汉代以来古代中国西北边境的天然分割线，中国古称夷播海，历朝历代中国西北民族活动的地方，曾是中国与俄国的界湖。
