1、出处不同：
有意：柯岩《奇异的书简·船长》：“在鹿特丹港，一个领港员因为船上一水是中国人而有意刁难，把舵令用英语说得又快又流时，贝汉廷就迎上去和他用英语对话。”
故意：赵树理《小二黑结婚》一：“后来有些好玩笑的人，见了三仙姑就故意问别人‘米烂了没有？’”
2、意义不同
有意一般指有意图，有愿望， 也有故意的意思。
故意指存心，有意识地。明知不应或不必这样做而这样做。
故意的近义词
1、居心，jū xīn，心地；存心。
引证解释：
王统照 《回忆北京学生五四爱国运动》：“我居心想缓走几步，听听这道旁的公论。”
2、存心（cún xīn）就是“故意的，有意的”意思。更进一步解释就是怀有某种念头的意思。
引证解释：
老舍 《骆驼祥子》五：“二太太以为他这是存心轻看她，冲口而出的把他骂了个花瓜。”
