海底两万里的主要内容是叙述法国生物学家阿龙纳斯教授在深海旅行的故事。故事的起因是1866年所发生的一件闹得满城风雨的怪事。下面大致概括。
一、海底两万里主要内容
1866年，一些国家船只发现大洋深处游弋着一只神秘的海怪。美国政府召集探险队，寻找并刺杀这只海怪。
教授法国海洋生物学家皮埃尔·阿龙纳斯受命登上了寻找海怪的军舰。军舰在海上遭遇海怪，却被海怪击沉。阿龙纳斯和仆人康塞尔、捕鲸高手尼德·兰落水后被“海怪”所救，才发现“海怪”竟是一艘名为“鹦鹉螺号”的神秘而强大的潜水艇。
三人被潜艇的制造者、船长尼莫以礼相待。尼莫带领三人参观了潜艇，介绍了潜艇的来历和技术细节。原来鹦鹉螺号由尼莫亲自设计，集合了当时全世界最前沿的科学技术。三人随着潜艇在大洋深处探索了很多地上文明从未踏足过的秘境，见识了无数神奇的海洋生物，战胜了大自然带来的数次危险。最后，三人成功逃离鹦鹉螺号。
二、飞逝的巨礁
1866年起，出现了一件大怪事。海洋中发现一个庞然大物，就像飞逝的巨礁，多艘航船莫名其妙的被撞裂了。公众坚决要求把着头怪物从海洋里清除掉。
三、赞成与反对
对怪物主要有两派看法，一派认为是一种力大无穷的怪物，另一派则认为是一艘动力强大的“海下船”。我认为，怪物是一种力量大得惊人的“独角鲸”。美国海军部组织了一艘名为亚伯拉罕林肯号的快速驱逐舰，准备去清除“怪物”。我应邀随行。
四、随先生尊便
我的仆人孔塞伊不假思索的说：“随先生尊便。”跟我一同上了以法拉格特为舰长的驱逐舰。驱逐舰从布鲁克林码头扬帆起锚，向大西洋全速前进。
