蜂巢蜜和普通蜂蜜从生产方式、生产周期到食用方法都有区别，通过对比蜂巢蜜和普通蜂蜜的生产方式及生产周期，可以看出蜂巢蜜营养成份和活性物质比普通蜂蜜要高得多。另外，由于蜂巢蜜未经人为加工，不易掺杂使假，较分离蜜酶值含量高，所以是比分离蜜更高级的营养性食品。蜂巢蜜含有丰富的生物酶、维生素、多种微量元素，是一种老幼皆宜、甘甜可口、营养丰富的保健食品。
1.生产方式不同
普通蜂蜜一般是不等整张蜜脾的蜂巢全部封盖，用刀割掉封盖部分，再用摇蜜机甩出来，收集到一起。蜂巢蜜是经蜜蜂酿制成熟并封上蜡盖的蜜脾，由蜂巢和蜂蜜两部分组成的一种成熟蜜，也称封盖蜜。
2.生产周期不同
普通蜂蜜是蜜蜂采集花蜜在蜂巢酿造7-10天的自然成熟蜜，一般来说浓度达到41°就可以取蜜了，而生产蜂巢蜜从蜜蜂采蜜到蜂巢封盖至少需要一个月，甚至更长的时间。
3.食用方法有区别
吃蜂巢蜜先用勺子或者刀子取一小块蜂巢蜜放入口中，犹如口香糖，嚼之有物，吮之有味，甘美爽口，再嚼至没有蜜味后吐出蜂蜡，蜂蜡也是一味中药，不下心吃下一点也无所谓，没有任何副作用。普通蜂蜜的最佳食用方法就是用40℃温开水冲蜂蜜水喝，而蜂巢蜜的蜂巢主要成分是蜂蜡，不溶于水，所以蜂巢蜜不能冲蜂蜜水喝。
