咸鸭蛋的腌制方法不同，腌制的时间也存在一定的差异。
一般鸭蛋用白酒泡过并且经过太阳晒的，由于光照度的区别，腌制时间会有一个浮动，大约是5至7天；用盐水罐装腌制需要大约15天；如果将鸭蛋沾湿后滚上盐粒包裹住腌制，则需要20天左右的时间；而传统的方法，就是将其埋在盐粒里面腌制，大约需要两个月的时间。
腌制咸鸭蛋的方法：
1、黄泥腌制咸鸭蛋：倒入足量的黄土中和成黄泥后，将黄泥均匀地涂在每个鸭蛋上，装入坛子中密封约30天就可以制成。这种方法制作出来的咸鸭蛋有油，并且咸味均匀。
2、盐水浸泡法：将待饱和的盐水倒入坛子中，接着将鸭蛋放入坛子中，密封好坛子，等待35至40天就可以制成。
3、卤盐水法：清水煮沸以后加入食盐、花椒、大料等调料，煮沸冷却后再倒入罐子中，盐水没过鸭蛋刚刚好，封好罐口，腌制20天左右就可以食用。
咸鸭蛋的腌制方法不同，所以储存方式也就存在一定的差异，但是绝大部分腌制好的咸鸭蛋，都可以放在冷藏室里，但是要用保鲜膜将其包裹住，可以有效的防止与别的食材串味，如果说平均气温比较低，还可以将其放在阴凉的地方储存，但要注意的是，用黄泥巴腌制好的咸鸭蛋要保持泥皮的潮湿。
腌制好的生咸鸭蛋，在适合存储的标准下，一般可以存储4至6个月，如果平均气温比较高，则只能够存放约2个月左右的时间，且适宜放进冷藏室。如果是已经煮开的咸鸭蛋，就不适合长期储存，所以要尽快食用完，以防产生霉变。
