两者的区别主要是工作内容。国民政府军事委员会被称之为军统，是国民党的特务组织，而中统是中国国民党党员通讯社一般都是指调查统计局。在中国大陆时期，这两者会结合在一起，主要的任务是一起对付中共党员，还有一些腐败分子。
军统和中统的历史背景和组织结构
军统是中国民国情报机关其中之一，中统是中央执行委员会的统计局，是一个全国性的特务机构，两者主要是为了维护自身利益，还有维护国民党的政权，是一个不一样的特务组织。
军统和中统的任务和工作内容
军统的任务是为了打击敌对势力，维护国家的安全，主要的工作内容是策划阴谋，暗杀绑架，还有收集情报。中统的任务主要是负责党内事务，还有监督党员的行为，主要的工作内容包括调查党员的思想动态，协助党的政策实施，还有整顿党的纪律等等。平时在生活中两者之间会有合作以及交流，比如反共宣传或者是交换国际情报等等。另外，会通过各种手段向其他的国家还，有其他的地区渗透，其中会包括干涉他国内部政治以及一些间谍行为。
军统和中统在中国大陆时期的行动特点和影响
军统在国内共战时机会有比较多的活动，对中国革命事业会产生一种前所未有的破坏。中统在国民党的内部会展开一系列的反攻活动，还有清洗活动，给民主进步人士带来较大的损失。另外，这两者还会利用文化宣传以及媒体宣传去制造民众思想或者是社会舆论。而这所有的行动都会导致中国政治的稳定受到影响，同时，会阻碍我国的发展前程会有许多不同的影响。
