1、 1、软件商业秘密鉴定主要是针对源程序进行鉴定，在源程序无法获取的情况下，对目标程序进行鉴定。
2、如果被告提交了源程序，应当确定被告源程序与涉案目标程序的关系，即同一性问题，如果满足同一性，则直接将原被告双方的源程序进行比较，构成实质性相似则侵权;如果原被告双方的源程序比较结果，不构成实质性相似，则不构成侵权。
3、如果被告未提交源程序，在进行软件商业秘密鉴定时，将原告编译后的目标程序与被告目标程序进行比较，构成相似则构成侵权，否则不构成侵权。
4、在被告接触源代码，且原告也能提供源代码的情况下，软件商业秘密鉴定首先将原告源程序编译成目标程序，因为源程序是软件开发者身份的证明。如果该源程序无法编译成目标程序，则原告有可能因无法证明其设计开发了相应程序而承担不利的后果。
5、如果原告有证据证明被告接触过其源程序，在原告源程序无法编译或编译后目标程序与被告目标程序不相似时，如果被告提交有源程序并与其目标程序之间满足同一性，此时的软件商业秘密鉴定还应比较双方的源程序。
6、如果被告源程序与涉案目标程序不满足同一性，则与被告未提交源程序时采取的方式相同，即将原告编译后的目标程序与被告目标程序进行比较，若相似则构成侵权。
7、综上，由于源代码在绝大多数时候并不向外公开，被告也不一定能够取得或者提交源代码，但是在侵权产品中，为了产品能够正常使用，产品中通常包含有目标代码。但无论是源代码还是目标代码，在软件商业秘密鉴定中，应当按照以上规则进行鉴定。
