1、药物作用靶点以及生物标记的选择与确认
药物靶点是指药物在体内的作用结合位点，包括基因位点、受体、酶、离子通道、核酸等生物大分子。
2、先导化合物的确定
一旦选定了药物作用的靶标，药物化学家首先要找到一个对该靶标有作用的化合物。
3、构效关系的研究与活性化合物的筛选
围绕先导化合物，设计并合成大量新化合物，通过对所合成化合物活性数据与化合物结构的构效关系分析，进一步有效的指导后续的化合物结构优化和修饰，以期得到活性更好的化合物。
4、候选药物的选定
通过构效关系研究，几轮优化所有筛选出来的满足基本生物活性的最优化合物，一般就选作为候选药物，进入开发。
5、临床前研究
候选药物确定后，新药研发就进入开发阶段，药物开发第一阶段的目标就是完成临床前的毒理学研究，数据库系统提供药理毒理数据了解研发信息
6、临床研究
分为Ⅰ期临床试验、Ⅱ期临床试验、Ⅲ期临床试验
7、新药申请
完成所有三个阶段的临床试验并分析所有资料及数据，药物的安全性和有效性得到了证明，新药持有人则可以向药监部门（C）FDA提交新药申请。
8、批准上市
新药申请一旦获得药监部门批准，该新药即可正式上市销售，供医生和病人选择。
9、IV期临床研究（药物上市后监测）
药物在大范围人群应用后，需要对其疗效和不良反应继续进行监测。
