1、新鲜的海蜇中含有含有五羟色胺、四氨络物及多肽类等物质，可能引起过敏等组胺反应，同时海蜇属于海鲜，含有一定的寄生虫和细菌，它的表面附着副溶血性弧菌，如果直接吃新鲜的海蜇，可能引起腹痛、腹泻、恶心呕吐甚至休克等食物中毒症状。孕妇直接食用鲜海蜇，还可能导致胎儿畸形，不利于胎儿的健康发展。
2、鲜海蜇的刺丝囊内含有毒液，买回来的新鲜海蜇一般要用食盐、明矾经过3次加工、腌制，滤去水分后才能去除毒素。
3、加工完毕，在海蜇食用前还要经过反复浸泡、漂洗，脱去食盐、明矾，清洗完后还需将海蜇用食醋浸10分钟以上，因为富在海蜇表面的副溶血性弧菌对酸最敏感，这样就可以杀死附在海蜇上的副溶血性弧菌，这样之后食用起来较为安全。
4、海蜇不宜直接生吃，也不宜凉拌吃，吃海蜇时一定要开水将其煮熟，从而将它所含的寄生虫与细菌杀死。
