凤丹牡丹花的枝干和花芽是不一样的，枝干：凤丹枝条笔直枝条少，芽间距长；牡丹弯曲枝条多，芽间距短。花芽：凤丹白色单瓣花朵，牡丹花朵大颜色多。结种：凤丹结种，牡丹只开花不结种。
凤丹的枝条比较少，长的也比较笔直，且每个芽之间的距离比较长，等到秋季时杆径会变的比较空，还很容易脱皮；牡丹的枝条有很多，长的不是很笔直，有微微弯曲的现象，芽间距很短，枝条不容易脱皮且比较光滑。
凤丹和牡丹花苞的区别主要体现在两个方面：
一是花苞的大小不同，牡丹花苞比较大，花瓣数量也多。而凤丹花苞相比要小很多，花瓣数量也会少一些。
二是花色不同，凤丹花花色单一，初期是淡粉色的，后期就会变为白色。而牡丹品种多，花色也丰富多样。此外，从杆子上也可分辨出。凤丹杆子笔直，芽距长。而牡丹杆子弯曲，芽距短。
