1、在NCBI Home界面，选择Taxonomy（该数据库包括大于7万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列），并输入物种的拉丁文名称（以人为例进行说明），点击Search
2、在Protein界面，点击RefSeq（该数据库包括具有生物意义上的非冗余基因、转录本和蛋白序列，是经过NCBI和其他组织校正的数据库，使用人类基因命名委员会定义的术语，并且包括了官方的基因符号和可选的符号）
3、然后点击Send to，下载该物种的蛋白序列数据库，文件格式通常是FASTA格式，得到的“sequence.fasta”文件，可以通过记事本或Excel打开
4、将该文件导入搜库软件后，就可以对蛋白进行定性分析，通过一系列的分析后，会得到差异蛋白，在NCBI home界面，选择Protein，并输入差异蛋白的Accession Number（例如：NP_001349917.1），点击Search
5、在Protein界面，就会显示该蛋白的信息（如氨基酸个数、蛋白名称、蛋白序列和CDS序列等）
6、一般情况下，如果蛋白质组所研究的物种已经被测序，推荐使用Uniprot数据库作为搜库的数据库，如果所研究的物种在Uniprot数据库中蛋白数据较少，推荐使用NCBI数据库进行搜库。
