1、巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术。
2、如果囊肿比较小（小于5cm）不考虑手术的话，首先就是女性月经期一定要杜绝性生活，要注意自身保暖，避免感寒着凉，月经期间，禁止一切激烈体育运动及重体力劳动，随时调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，女孩子青春期要避免受惊吓，以免导致闭经或形成溢流。
3、如果囊肿已经超过5公分，需要及早手术治疗，以免时间长导致扭转感染甚至破裂等情况。建议去正规医院针对性治疗。
