1、第三阶段是Ceph殖民战略的最后一步，也就是最致命的一步。如果Ceph的入侵部队受到显着而持久的抵抗，他们将通过爱因斯坦-罗森桥连接母星系的中央。通过这种方式，Ceph可部署精英部队消灭所有抵抗者。现在地球上的Ceph只是一小部分，Alpha-Ceph在入侵部队抵达之前都会为光柱充能。
2、在距离坠机地点不远处可拿到狙击枪，然后从杂草丛生的高地上逐渐跳跃下来，来到对面的一幢建筑里关闭防空炮，门口的Ceph拿着一支狙击枪。这时塞可已经找了其他的运输机，Ceph正用集体意识所产生的能量运行防空炮，普若非冲进房屋后连入集体意识之中，摧毁了能量罐，塞可赶来击毁了防空设施。
3、摧毁第三个防空炮后塞可驾驶着VTOL降落，普若非登机后是一段空战，击毁了大量Ceph的战机，不过VTOL也严重受损，不得不暂时降落修理引擎，Ceph在该区域大量空投部队，普若非使用VTOL上的榴弹发射器进行压制，起飞后Ceph空投下了心灵控制者（mastermind），它有四足四手，把普若非吸出了机舱。
4、 通过控制周围的物体进行攻击，生命值异常之高，中途还有其他单位增援，需要缠斗很久才能消灭，最后在把普若非吸到身边时，普若非同样释放出了巨大的能量将其摧毁。成功以后来到平台的边缘，外面不远处光柱正射向天空，发射时聚集的能量越来越大，导致周围的建筑不断的坍塌，把普若非掩埋在其中。
