1、大学应该成为“研究高尚学问之地”，但是当时的学生对研究学问没有兴趣，读书只为做官，因此蔡元培改革北大的第一步就是明确大学宗旨，并为师生创造研究高深学问的条件和氛围。
2、“思想自由，兼容并包”是蔡侍厚治越元培办理北京大学的基本指导思想，同时这一原则还体现在对教师的聘任上，蔡元培以“学诣为主”，网罗学术人才。
3、蔡元培任校长后才真正实行教授治校、民主管理的原则，管理体制改革的目的是把推动学校发展责任交给教授，让真正懂得学术的人来管理学校。
4、在学科与教学体制改革上，蔡元培采取了扩充文理，改变“轻学而重术”；沟通文理，废科设系；改年级制为选科制（学分制）的一系列思想措施。
