区别在于：定义不同、主要职责不同、组成部分不同。
1、定义不同：法制部门由一国现行的全部法律规范按照不同的法律部门分类组合而形成的一个体系化的有机联系的统一整体；司法机关为行使司法权的国家机关，是国家机构的基本组成部分，是依法成立的行使相关国家职权的司法组织。
2、主要职责不同：法制部门着重说明的是呈静态的法律本身的体系构成，更着重说明的是呈动态的法制运转机制；司法机关宪法规定“人民法院、人民检察院和公安机关办理刑事案件，应当分工负责，互相配合，互相制约，以保证准确有效地执行法律。
3、组成部分不同：法制体系(或法制部门)包括立法体系、执法体系、司法体系、守法体系、法制监督体系等；在中国，司法机关为人民法院、人民检察院两大类。另外，公安机关可以被认为是司法机关的一部分，在行使行政职能时则不属于司法机关。
参考资料来源：百度百科-法制体系
参考资料来源：百度百科-司法机关
